En Europe, une maladie est dite rare lorsqu’elle concerne un nombre restreint de personnes :

1 personne sur 2 000 en population générale (définition issue du Règlement européen sur les médicaments orphelins).
En France, on compte actuellement plus de 6 000 maladies rares qui affecteraient environ 3 millions de personnes.
Dans le monde, les maladies rares sont fréquentes : 3,5 à 5,9 % de la population mondiale est concernée par les maladies rares (soit de 263 à 446 millions de personnes [en anglais]).
Ces estimations ne prennent en compte que 67,6 % (3 585) des 6 172 maladies rares recensées par la base Orphanet (décembre 2022). Les maladies incidentes comme les cancers rares (incidence : 6/100 000 par an), les maladies infectieuses et les intoxications font l’objet d’une autre analyse ; 98 % des malades sont concernés par 390 maladies rares, 71,9 % sont d’origine génétique et 69,9 % surviennent exclusivement durant l’enfance.
Les maladies rares sont souvent des maladies chroniques et invalidantes, source de handicap.
« Constitue un handicap toute limitation d’activité ou restriction de participation à la vie en société subie dans son environnement par une personne en raison d’une altération substantielle, durable ou définitive d’une ou plusieurs fonctions physiques, sensorielles, mentales, cognitives ou psychiques, d’un polyhandicap ou d’un trouble de santé invalidant»,
définition de la loi 2005–102 du 11 février 2005 pour l’égalité des droits et des chances, la participation et la citoyenneté des personnes handicapées.